Воскресший Господь, явившись Своим ученикам, поручает апостолу Петру пастырство над ними (паси агнцев Моих) и предсказывает мученическую смерть на кресте (прострешь руки твои). Петр же, видя идущего вслед за ним Иоанна и движимый любовью к нему (велика была честь прославить своими страданиями Сына Человеческого), спрашивает Господи! а он что?: не пойдет ли он этим путем. Иисус Христос говорит ему, что не должно тебе об этом думать: ты иди за Мною. На вопрос Петра Он отвечает: что касается до Иоанна, то, если бы он остался в живых до моего второго пришествия, то это не относится к тебе. Ты должен идти указанным путем. Далее сам Иоанн, автор данного повествования, говорит о том, что слова Учителя подали братьям, т. е. ученикам, повод думать, что Иоанн не умрет. Евангелист Иоанн пишет, что Иисус не сказал, что не умрет. Однако прямо не опровергает такую возможность.
История апостольского века полностью подтверждает исполнение пророчества об ап. Петре. Древнейшее церковное предание, сохраненное писателями 2 века, свидетельствует о том, что ап. Петр был распят при имп. Нероне. Ап. Иоанн дожил до глубокой старости. Согласно священномученику Ипполиту Римскому, Иринею Лионскому и Евсевию Памфилу святой апостол и евангелист Иоанн Богослов умер при императоре Траяне (98 — 117). По александрийской хронике св. апостол Иоанн Богослов скончался на 72-м году по вознесении Господа нашего Иисуса Христа, будучи 100 лет и 7 месяцев. Все эти свидетельства под смертью имеют ввиду уход из земной жизни. Обстоятельства же, сопровождавшие этот уход, достаточно таинственные. Апостол с 7 учениками вышел из Эфеса и, дойдя до некоторого места, велел им сесть. Затем отошел от них и стал молиться. Затем он велел им копать крестообразную могилу. «Возьмите землю, мать мою, и покройте меня ею», — сказал он ученикам. Они исполнили и с великим плачем возвратились в Эфес. Когда об этом узнали жившие в городе христиане, они пришли и раскопали могилу, но тела апостола там не нашли.
Блаж. Феофилакт толкует это место Евангелия так. «Некоторые же так понимают: Петр, услышав, что он умрет за Христа, сказал: что же Иоанн? не умрет ли и он? Христос не отверг этого, ибо всяк, кто родился, тот и умрет, а сказал: если Я хочу, чтобы он пребыл, то есть жил до кончины мира и тогда соделался мучеником за Меня. Отселе и говорят, что он жив, а будет умерщвлен антихристом, когда вместе с Илиею станет проповедывать Христа. Если указывают гроб его, что до того? он вошел в него живой, а потом преставлен, как Енох и Илия. Итак, евангелист опровергает ложное мнение тех, кои подумали, что ученик сей не умрет, а будет бессмертен: ибо сущая ложь, чтобы человек был бессмертен. Хотя Енох и Илия не умирали, однакож они смертны. Так и он, хотя не умер, но умрет. Посему понимание слова: не «умрет», в том смысле, что будет бессмертен, ложно. Иные утверждают, что он умер, а слова: «если Я хочу, чтобы он пребыл», понимают так, как мы выше изъяснили. Мы высказали все мнения, чтобы для любопытных ни одно не было безызвестно. По нашему мнению, слова: «чтобы он пребыл, пока приду», лучше понимать не о жизни, а о разлуке с Петром, как понимал это достославный и златоустый Иоанн» (Толкование на Евангелие от Иоанна).