Церковь свв. апп. Петра и Павла была построена обществом села Кугей в 1868 г. Это была деревянная церковь, сооружена крестообразно, с пристроенной колокольней, на которой располагалось 5 колоколов. Самый большой колокол весил 103 пуда и назывался Гусаковским. Ограда вокруг храма была кирпичная с железной решеткой и 3 железными воротами. Главный купол церкви был основан на 4-х деревянных колоннах, стоящих на каменном фундаменте. Стены храма были окрашены белыми масляными красками, алтарь отделялся от церкви иконостасной стеной. Иконостас, установленный в 1865 г. состоял из 2½ яруса, а иконы были написаны на цинке. В приходе работала одна церковно-приходская школа.
Петропавловская церковь была закрыта и полностью разрушена в 1930-е годы. Постановление о ликвидации общины было принято на местном уровне 11 октября 1935 г.
Во время немецко-фашистской оккупации в 1942 г. начали совершаться богослужения в с. Кугей. Поскольку здание храма было разрушено, община заняла помещение колхозного клуба, построенного в 1939 г.
В 1949 г. верующим было объявлено о необходимости освободить помещение молитвенного дома. Здание было освобождено, но новый дом община купить не смогла, и 24 марта 1950 г. Петропавловский молитвенный дом был снят с регистрации.
19 марта 2019 г. по благословению митрополита Ростовского и Новочеркасского Меркурия настоятелем храма был назначен иерей Никита Николаевич Дяур, при котором возобновилось духовно-пастырское служение, просветительская, миссионерская деятельность и литургическая жизнь. Началось строительство Петропавловского храма с. Кугей. Был вырыт котлован, залит фундамент.
В 2023 г. утвержден обновленный проект храма.
В настоящее время продолжаются строительно-монтажные работы.
