До 1766 года на этом месте находился деревянный храм, но к тому времени он сильно обветшал и был разобран.
Каменная церковь в честь Спаса Преображения была возведена в 1766-1768 гг. на средства священника ф. Шупинского и коллежского асессора С. Корсакова. Церковь выстроена в стиле позднего барокко в типично смоленском варианте.
Храм двухэтажный: в верхнем храме находился Преображенский (летний) престол, в нижнем (зимнем) — мученицы Параскевы и священномученика Антипы. В приходе почиталась икона Божией Матери «Всех скорбящих Радость».
Во время Отечественной войны 1812 года, при захвате города французами, в этом храме находилась тюрьма — содержались под арестом русские партизаны и организаторы паризанского движения С. И. Шубин и П. И. Энгельгардт. Их расстреляли в октябре того же года.
В 1929 году храм большевики закрыли, предварительно вынеся из него всё церковное имущество. Венчания были сбиты, а верхний ярус колокольни был позже разобран. Здание бывшей церкви было передано на нужды Народного Комиссариата Обороны.
В годы Великой Отечественной войны храм Спаса Преображения частично был разрушен. После войны его немного восстановили и в 1978 году местные власти отдали под общежитие для сотрудников Смоленских реставрационных мастерских. Внутри помещение было капитально перестроено, на здании надстроили ещё один этаж. В этом здании почти 40 лет, до расселения, жили люди.
4 марта 2019 года в храме прошёл первый молебен за последние 90 лет — эта дата считается началом возрождения святыни.
Первое архирейское богослужение правящий архирей митрополит Смоленский и Дорогобужский Исидор совершил 18 августа 2019 года. 7 января 2020 года в церкви Спаса Преображения состоялось первое Рождественское богослужение за 90 лет во вновь открывшемся храме.
21 января 2020 года был освящён и установлен на колокольне купол с крестом.
