История Казанской церкви села Марково начинается в XVII веке, когда Марково и соседнее с ним Малахово приобрел астраханский воевода князь Яков Никитич Одоевский.
Строилась церковь восемь лет - с 1672 по 1680 год. Когда, наконец, работы были завершены, взорам всех предстало изящное здание, украшенное богатым и необычайно разнообразным декором из фигурного кирпича, резного белого камня и зеленых поливных изразцов. Красный кирпич стен удачно оттенял белые карнизы и наличники окон, а также многоярусные кокошники. Главный престол храмоздатель решил освятить в честь Казанской иконы Божией Матери. С западной и восточной сторон храм имел четыре придела: во имя святого Пророка Предтечи и Крестителя Господня Иоанна, благоверных князей-страстотерпцев Бориса и Глеба, святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских и преподобного Макария Унженского, чудотворца. Каждый из приделов венчала небольшая главка-луковичка. Внутри размещались деревянные иконостасы, украшенные позолоченной ажурной деревянной резьбой. Особенностью архитектуры храма являлось применение зодчим принципа плавающей симметрии, позволяющего церковному зданию выглядеть одинаково гармонично как вблизи, так и издалека.
29 октября 1901 года в Казанском храме села Маркова Бронницкого уезда Московской губернии заново освящен придел во имя Предтечи и Крестителя Иоанна, обновленный заботами настоятеля священника И. Казанцева и церковного старосты жителя деревни Рыбаки Григория Кондратьева, при помощи некоторых прихожан.
В середине XIX века было разобрано западное храмовое крыльцо, на месте которого возвели колокольню. В 60-х годах того же столетия два западных придела были упразднены и соединены с восточными.
В период богоборчества храм был закрыт и разорен. В стенах жемчужины русского церковного строительства разместилось овощехранилище. В 1962 году Казанской церкви села Марково придали статус памятника архитектуры федерального значения, однако на положении православной святыни это никак не сказалось: От некогда богатого церковного убранства не уцелело почти ничего. В семидесятые годы из обветшавших, но еще целых иконостасов «любителями старины» были варварски выдраны все образа. Лишь иконостас XVII века, чудом сохранившийся в одном из приделов, был передан в Центр древнерусской культуры и искусства имени Андрея Рублева. Последний раз храм упоминался в краеведческой литературе в 1975 году, с тех пор о его существовании и плачевном состоянии старались не вспоминать.
В июне 1999 года Казанский храм села Марково был передан Покровскому ставропигиальному женскому монастырю для открытия здесь монастырского скита и устройства подворья.
25 июня 2000 года, после Литургии, совершенной в Троицком соборе города Раменское, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II вместе с митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием, впервые побывал здесь. В этот свой приезд Его Святейшество совершил освящение пяти крестов Казанской церкви, которые затем были установлены на куполах.
13 ноября 2004 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил Великое освящение трех приделов храма Казанской иконы Божией Матери на подворье Покровскоко женского монастыря в с. Марково.
