В 1841 г. среди православных верующих г.Томска начался сбор средств на строительство Троицкой церкви, строительство которой было начато в этом же году и продолжалось до 1844 г.По окончании строительства церковь была освящена Преосвященным Афанасием епископом Томским и Енисейским.
Фактически Церковь перестала действовать, согласно решению Горсовета 27 сентября 1937 г. Хотя распоряжение Новосибирского Крайкома о её закрытии подписано лишь 8 февраля 1940 г. В церкви разместили склад Заготзерно, затем контору автоколонны «Сибхозтраса». Из имущества некогда богатой единоверческой церкви Угрозыск передал в Горфо 20 мая 1939 г. 40 кг свечей, 292 флакона машинного масла, 77 церковных риз, 247 единиц мелкого церковного облачения, одну икону в футляре, одну малую металлическую иконку.
В результате хозяйствования разных владельцев храм сильно пострадал: кресты были снесены, стены Димитриевского придела были полуразрушены, все деревянные части внутри церкви: дверные косяки, двери, полы, оконные рамы — сорваны.
После начала богослужений в открывшемся Петропавловском соборе г. Томска в январе 1944 г., люди, истосковавшиеся по церковной молитве за четыре года войны, хлынули в церковь. Но одного действующего храма было недостаточно для большого города.
19 июня 1945 г. группа верующих (209 человек) обратилась в Томский Облисполком об открытии Воскресенской церкви г. Томска, но был получен отказ. Здание было отдано под архив Дальнего Востока и Томской области.
Постановлением от 29 декабря 1945 г. Совет по делам РПЦ при СНК СССР, согласно заключения Томского облисполкома и заявления верующих, разрешил открыть Троицкую церковь в г. Томске.
Община Троицкой церкви, зарегистрированная 11 января 1946 г. приняла «в бессрочное бесплатное пользование одноэтажное кирпичное церковное здание по Октябрьской улице № 41, с находящейся при ней сторожкой и богослужебными предметами по особой описи».
